Lorsqu'on parle de microbes à propos des fruits et légumes, c'est d'habitude pour s'inquiéter d'une contamination pathogène. Or, les millions de bactéries qui pullulent dans la chair et la peau des fruits jouent un rôle essentiel en venant enrichir notre flore intestinale. Mais certaines pommes sont meilleures à croquer que d'autres.

La pomme est de loin le fruit préféré des Français : un fruit sur cinq achetés en France est une pomme et chaque ménage en achète près de 16 kilogrammes par an, selon Interfel. Cela tombe bien, car la pomme est associée à de nombreux bénéfices pour la santé. Riche en fibres, en pectine, en vitamines et antioxydants, elle contribue à faire baisser le taux de cholestérol, régule le transit, lutte contre le diabète, réduit le risque d’obésité et empêche la perte musculaire. Mais la pomme renferme d'autres bienfaits cachés : les millions de microbes qui se cachent dans sa pulpe, ses pépins ou sa peau. Une nouvelle étude parue le 24 juillet dans Frontiers in Microbiology a ainsi calculé qu'une pomme de 240 grammes contient en moyenne 100 millions de bactéries.

Des bactéries qui enrichissent la flore intestinale

Mais contrairement aux traces de pesticides, ces microbes sont largement bénéfiques pour la santé. « Les bactéries, virus et champignons des fruits colonisent notre intestin de façon transitoire et enrichissent le microbiote humain », explique Gabriela Berg, biologiste à l'université de Technologie de Graz en Autriche et coauteure de l'étude. Or, une flore intestinale diversifiée est gage d'une bonne régulation des fonctions digestives, métaboliques, immunitaires et neurologiques ; elle réduit les risques d'infection et d'inflammation.

Les pommes bio contiennent plus de « bonnes » bactéries

Les chercheurs ont comparé des pommes issues de l'agriculture conventionnelle et des pommes bio, et analysé pour chacune la concentration et la composition de leur microbiome dans les différentes parties du fruit. Première constatation : la grande majorité des bactéries (70 millions) est concentrée dans la queue, les pépins et le calice (le reste de la fleur qui forme la petite « queue » en dessous de la pomme). Ces microbes ne sont donc en principe pas prêts de coloniser notre intestin. La pulpe compte 20 millions de bactéries et la peau à peine 1,6 million.

La composition bactérienne des pommes biologiques est plus diversifiée que celle des pommes conventionnelles, notamment dans la pulpe du fruit.
La composition bactérienne des pommes biologiques est plus diversifiée que celle des pommes conventionnelles, notamment dans la pulpe du fruit.
Image : © Birgit Wasserman et al, Frontiers in Microbiology, 2019

Second enseignement : le microbiome de la pomme bio est beaucoup plus diversifié que celui de la pomme conventionnelle, « ce qui empêche une espèce de prendre le dessus sur les autres », et donc de développer des maladies ou des allergies, expliquent les auteurs. De plus, les pommes bio sont plus riches en « bonnes » bactéries qui favorisent le développement de Lactobacillus et Bifidobacterium, connues comme probiotiques. Elles renferment aussi plus de Methylobacterium, un type de bactérie qui accroît la biosynthèse de composés aromatiques de fraise (ce qui donne un bon goût à la pomme). À l'inverse, 43 % des bactéries contenues dans la pomme conventionnelle appartiennent à l'ordre des Burkholderiales, qui contribuent au développement des pathogènes. Selon les chercheurs, ces différences de composition microbienne pourraient s'expliquer par les pratiques agricoles ou les conditions de stockage. Il faudrait donc vérifier si ce constat est valable pour tous les pays et toutes les espèces de pommes.

Vitamines, minéraux et… microbes ?

L'intérêt de cette étude est surtout de souligner le rôle du microbiome des aliments pour la santé humaine. « Jusqu'ici, on s'était surtout intéressé aux contaminations bactériennes pathogènes », met en avant Birgit Wasserman, doctorante dans le laboratoire de Gabriela Berg et auteure principale de l'étude. Les « bonnes » bactéries ont pourtant un rôle tout aussi important. « Le profil microbien des fruits et légumes frais fera bientôt partie des informations nutritionnelles standard au même titre que les vitamines, les minéraux et les antioxydants », pronostique la chercheuse.

CE QU'IL FAUT RETENIR

Une pomme contient plus de 100 millions de bactéries, qui viennent enrichir notre microbiote intestinal.

Les pommes biologiques ont une plus grande diversité bactérienne que les pommes conventionnelles et sont plus riches en « bonnes » bactéries.

La microbiome des fruits frais fait partie des informations nutritionnelles importantes au même titre que les vitamines ou les minéraux.

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